Σύμφωνα με επισκέπτες της Μονής, υπάρχει πλούσια πανίδα και χλωρίδα. Ιδιαίτερη εντύπωση προκαλεί η ορνιθοπανίδα και περίπου 25 προστατευόμενα είδη πουλιών. Διαχειμάζουν πάνω από 100.000 υβδρόβια πουλιά, ενώ σταθμεύουν και αναπαράγονται 250 είδη πτηνών. Αξίζει επίσης να σημειωθεί πως ξεχειμωνιάζει εκεί και η τρίτη σε μέγεθος ομάδα Αργυροπελεκάνων της Ευρώπης.

Διαθέτει από την αρχή Βιολογικό καθαρισμό και οι περιβαλλοντικές δραστηριότητες της Μονής επικεντρώνονται στην βιολογική ιχθυοκαλλιέργεια (με χέλια), στην βιολογική κτηνοτροφία και τον Οικοτουρισμό.

Μία από τις τελευταίες δραστηριότητες της Μονής στα Φλάμπουρα είναι η παραγωγή βιολογικού μελιού και βιολογικών ελιών. Ηγούμενος είναι ο πατήρ Εφραίμ, ενώ ο π. Ιωαννίκιος συνήθως ξεναγεί και ενημερώνει τους επισκέπτες στη Μονή.

Το παλιό μοναστήρι είναι στη θέση Λιοβούνια, κάποια χιλιόμετρα απόσταση από τη σημερινή Μονή και σε θέση όπου η θέα και το τοπίο είναι εκπληκτικά. Γιατί όχι να μην αξιοποιηθεί από πλευράς Πολιτείας για σκοπούς θρησκευτικού τουρισμού και το παλιό μοναστήρι.